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Conseil d'Administration
Le Conseil d'Administration est constitué de seize membres désignés par les Gouvernements régionaux et par l'Autorité fédérale qui sont issus paritairement des secteurs privé et public.
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Comité d'accompagnement
Le Comité d'Accompagnement est en charge de l'exécution des décisions prises par le Conseil d'Administration.
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Comité d'Audit
Le Comité d’Audit est un organe composé de plusieurs membres du Conseil d’Administration, qui en font partie sur base volontaire.
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Gestion journalière
La conduite journalière de l'Agence est assurée par un Directeur général, assisté d'un Directeur général adjoint. Ils sont tous deux désignés par le Conseil d'Administration et sont de rôle linguistique différent.
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Conseil de Direction
En exécution de l’article 12 de l’annexe 2 de l’accord de coopération du 18 décembre 2002, le Directeur général est assisté par un Conseil de Direction composé du Directeur général, du Directeur général adjoi