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Conseil d'Administration
Le Conseil d'Administration est constitué de seize membres désignés par les Gouvernements régionaux et par l'Autorité fédérale qui sont issus paritairement des secteurs privé et public.
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Comité d'accompagnement
Le Comité d'Accompagnement est en charge de l'exécution des décisions prises par le Conseil d'Administration.
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Gestion journalière
La conduite journalière de l'Agence pour le Commerce extérieur est assurée par un Directeur général.
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Conseil de Direction
En exécution de l’article 12 de l’annexe 2 de l’accord de coopération du 18 décembre 2002, le Directeur général est assisté par un Conseil de Direction composé du Directeur général, du Directeur général adjoi